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测序仪之醋酸钠/乙醇法纯化pcr产物
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司，我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等，公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
(1) 将混合物离心，将扩增产物转移到1.5ml ep管中。(2) 加入25μl醋酸钠/乙醇混合液，充分振荡，置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于4℃离心30 min，小心弃上清。(3) 加70%(v/v)的乙醇50μl洗涤沉淀2次。12 000r/min于4℃离心5min，小心弃上清和管壁的液珠，真空干燥沉淀10～15min。电泳前测序pcr产物的处理(1) 加入12μl的tsr于离心管中，剧烈振荡，让其充分溶解dna沉淀，稍离心。(2) 将溶液转移至盖体分离的0.2ml pcr管中，稍离心。(3) 在pcr仪上进行热变性(95℃ 2min)，冰中骤冷，待上机。
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务，主营产品型号：有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。欢迎您致电联系我们获取更多优惠~~~
二代测序仪的操作流程
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司，我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等，公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
1）测序文库的构建（library construction）
首先准备基因组dna（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是gnome analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中），然后将dna随机片段化成几百碱基或更短的小片段，并在两头加上特定的接头（adaptor）。如果是转录组测序，则文库的构建要相对麻烦些，rna片段化之后需反转成cdna，然后加上接头，或者先将rna反转成cdna，然后再片段化并加上接头。片段的大小（insert size）对于后面的数据分析有影响，可根据需要来选择。对于基因组测序来说，通常会选择几种不同的insert size，以便在组装（assembly）的时候获得更多的信息。
2）锚定桥接（surface attachment and bridge amplification）
solexa测序的反应在叫做flow cell的玻璃管中进行，flow cell又被细分成8个lane，每个lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的dna 片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构，以供后续的预扩增使用。
3）预扩增（denaturation and complete amplification）
添加未标记的dntp 和普通taq 酶进行固相桥式pcr 扩增，单链桥型待测片段被扩增成为双链桥型片段。通过变性，释放出互补的单链，锚定到附近的固相表面。通过不断循环，将会在flow cell 的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。
4）单碱基延伸测序（single base extension and sequencing）
在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dntp 、dna 聚合酶以及接头引物进行扩增，在每一个测序簇延伸互补链时，每加入一个被荧光标记的dntp就能释放出相对应的荧光，测序仪通过捕获荧光信号，并通过计算机软件将光信号转化为测序峰，从而获得待测片段的序列信息。从荧光信号获取待测片段的序列信息的过程叫做base calling，illumina公司base calling所用的软件是illumina’s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。读长会受到多个引起信号衰减的因素所影响，如荧光标记的不完全切割。随着读长的增加，错误率也会随之上升。
5）数据分析（data analyzing）
这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分，但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列，要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的contigs甚至是整个基因组的框架，或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上，并进一步分析得到有生物学意义的结果。
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务，主营产品型号：有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。
测序仪指标
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司，我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等，公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
1高数据通量：每次仪器运行单端读取至少可生成300g碱基数据，双端读取至少可生成600g碱基数据；在快速运行模式下27h内产生120g数据2 实验时间：单端读取4天，双端读取8天(根据测序长度略有变化)； 快速模式27h3运行成本：从样品制备到数据读取，每测量100万个碱基对所需成本不高于0.05美元4数据读长：单端读取序列，读长大于100个碱基；5双端读取序列：高通量模式读长2x100个碱基；快速模式读长2x150个碱基6样品用量：dna样本需要0.1-1微克gdna或cdna7读取精度：原始数据准确性≥98.5％,3倍覆盖拼接序列准确性≥99.99%8可准确读取≥10个的连续单个重复碱基（如aaaaaaaaaa），准确性≥98.5%9不同样品并行性：每次仪器运行可平行分析8个非混合的独立样品10 可开展chip-seq、小rna发现的定量、未知物种测序、转录组研究、甲一基化研究试剂盒，宏基因组研究、重测序、目标区域重测序。
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北京拓普塞斯生物技术有限公司
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北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年，是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司，我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等，公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
(1) 将混合物离心，将扩增产物转移到1.5ml ep管中。(2) 加入25μl醋酸钠/乙醇混合液，充分振荡，置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于4℃离心30 min，小心弃上清。(3) 加70%(v/v)的乙醇50μl洗涤沉淀2次。12 000r/min于4℃离心5min，小心弃上清和管壁的液珠，真空干燥沉淀10～15min。电泳前测序pcr产物的处理(1) 加入12μl的tsr于离心管中，剧烈振荡，让其充分溶解dna沉淀，稍离心。(2) 将溶液转移至盖体分离的0.2ml pcr管中，稍离心。(3) 在pcr仪上进行热变性(95℃ 2min)，冰中骤冷，待上机。
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1）测序文库的构建（library construction）
首先准备基因组dna（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是gnome analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中），然后将dna随机片段化成几百碱基或更短的小片段，并在两头加上特定的接头（adaptor）。如果是转录组测序，则文库的构建要相对麻烦些，rna片段化之后需反转成cdna，然后加上接头，或者先将rna反转成cdna，然后再片段化并加上接头。片段的大小（insert size）对于后面的数据分析有影响，可根据需要来选择。对于基因组测序来说，通常会选择几种不同的insert size，以便在组装（assembly）的时候获得更多的信息。
2）锚定桥接（surface attachment and bridge amplification）
solexa测序的反应在叫做flow cell的玻璃管中进行，flow cell又被细分成8个lane，每个lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的dna 片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构，以供后续的预扩增使用。
3）预扩增（denaturation and complete amplification）
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4）单碱基延伸测序（single base extension and sequencing）
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5）数据分析（data analyzing）
这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分，但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列，要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的contigs甚至是整个基因组的框架，或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上，并进一步分析得到有生物学意义的结果。
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务，主营产品型号：有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。
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1高数据通量：每次仪器运行单端读取至少可生成300g碱基数据，双端读取至少可生成600g碱基数据；在快速运行模式下27h内产生120g数据2 实验时间：单端读取4天，双端读取8天(根据测序长度略有变化)； 快速模式27h3运行成本：从样品制备到数据读取，每测量100万个碱基对所需成本不高于0.05美元4数据读长：单端读取序列，读长大于100个碱基；5双端读取序列：高通量模式读长2x100个碱基；快速模式读长2x150个碱基6样品用量：dna样本需要0.1-1微克gdna或cdna7读取精度：原始数据准确性≥98.5％,3倍覆盖拼接序列准确性≥99.99%8可准确读取≥10个的连续单个重复碱基（如aaaaaaaaaa），准确性≥98.5%9不同样品并行性：每次仪器运行可平行分析8个非混合的独立样品10 可开展chip-seq、小rna发现的定量、未知物种测序、转录组研究、甲一基化研究试剂盒，宏基因组研究、重测序、目标区域重测序。
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